Una estrategia planteada para la promoción del trabajo en red, y liderada por los grupos de investigación Ecología de Estuarios y Manglares – ECOMANGLARES y Biología de Plantas y Microorganismos – BPM adscritos al Instituto, es el desarrollo de la red internacional para el estudio y conservación del ecosistema de Manglar y estuarios “RED ESTUARIOS”. Esta iniciativa se creó en el año 1996 con la organización del I Simposio Internacional gracias a la visita de Investigadores de la Universidad de Carolina del Sur, USA. El segundo evento se realizó en marzo de 2015, con sede en Cali, organizado en conjunto con la Universidad Nacional, donde se contó con más de 100 investigadores nacionales, logrando la activación de la red y la articulación de propuestas de trabajo conjunto con grupos nacionales e internacionales. El Instituto será el ente responsable de la Red y actualmente lidera la articulación de un proyecto de investigación en red para el estudio de las relaciones tróficas de los ecosistemas de manglar con participación de la Universidad del Luisiana, en Baton Rouge, The Sea Grant College y el Instituto de Investigaciones Marinas Tropicales de la Universidad de Bremen, ZMT.