Contribuir al desarrollo de la investigación científica, la docencia universitaria y la difusión de las Ciencias del Mar y la Limnología, con participación de los diferentes estamentos y unidades académicas de la Universidad. Todas estas áreas están encaminadas al conocimiento, uso sostenible, preservación y manejo de los ecosistemas y recursos acuáticos. El Instituto también participará en proyectos inter y multidisciplinarios en los que las Ciencias del Mar tengan una contribución importante.