Fomentar la investigación relacionada con el conocimiento y la valoración de los recursos marino-costeros y de las aguas continentales de Colombia, que contribuyan a la conservación y uso sostenible de estos ecosistemas y recursos, para aportar al desarrollo del país, contando con la participación de los actores locales y nacionales.
Generar proyectos de investigación inter y multidisciplinarios en uso y valoración de la biodiversidad, oceanografía y Limnología, procesos de participación y desarrollo social en relación con las costas y aguas acuáticas de Colombia.
Desarrollar portafolios de servicios especializados que contribuyan al manejo sostenible de los recursos marino-costeros y de aguas continentales en Colombia.