Oceanografía y Limnología. Se enfoca en generar conocimiento de los sistemas acuáticos marinos y continentales, desde las ciencias de la Física, la Química, la Geología y la Biología. En consecuencia, sus áreas de actuación incluyen los estudios de la oceanografía física, química, geológica y biológica. Adicionalmente los estudios en oceanografía y Limnología incluyen aspectos de los cuerpos de agua tales como su hidrología, energía, sedimentología, geoquímica, contaminación, entre otras.
Valoración integral, conservación y aprovechamiento de los recursos costeros. Esta área se enfoca en el estudio de los recursos hidrobiológicos marinos y continentales, en el reconocimiento y valoración de los servicios ambientales de los ecosistemas marino-costeros y de agua dulce. Incluye las áreas de la valoración económica, la bioprospección, acuicultura, el uso y producción sostenible de los recursos vivos de los espacios costeros y continentales y la conservación de dichos recursos.
Gestión social y ambiental de los espacios marino-costeros y dulceacuícolas. Esta área comprende la incorporación de la dimensión sociocultural y económica derivada de la relación de las actividades humanas en el territorio costero y del uso de los recursos acuáticos del mar y de los ecosistemas acuícolas continentales. Un componente importante del área incluye la prevención, la protección y la rehabilitación de los ecosistemas marinos-costeros y continentales y la evaluación de los impactos ambientales, incluyendo los instrumentos y herramientas para la gestión y manejo sustentable de la zona costera.