En la actualidad existen 15 proyectos de investigación, ocho en Ciencias del Mar y tres en Limnología:
Proyectos financiados por Colciencias:
- “Relación entre las tasas de bioerosión y bioacreción de arrecifes coralinos de la Isla Gorgona, Pacifico Colombiano”, CI 71002.
- “Análisis de la dinámica trófica en dos manglares del Pacífico colombiano mediante el uso integrado de isótopos estables y modelación ecosistémica: Importancia para la producción pesquera del sistema”, CI, 71008.
- “Secuestro y emisión de gases de efecto invernadero en humedales estratégicos del Valle del Cauca”. Convocatoria Colciencias, No. 520.
- “Dispersión y conectividad de peces damisela entre áreas marinas protegidas del Pacífico colombiano implicaciones biogeográficas”, CI 79910.
- “Morfología de Pterois volitans y otros pequeños depredadores arrecifales: una hipótesis ecológica y funcional de la invasión del pez león al Atlántico occidental”, CI: 71019
Proyectos de convocatoria interna:
- "Assessing the role of benthic and microbial links on carbon dynamics of mangrove forests submitted to distinct levels of anthropogenic stress", CI 71113
- Variación espacial y temporal de las comunidades de parásitos metazoarios de Carangoides caballus (günther, 1868) en el norte del pacífico colombiano, CI7968
- “Bioerosión en los acantilados de la costa central del Pacífico Colombiano", CI 7980.
- “Coralivoría (Jenneria pustulata) y bioerosión (Diadema mexicanum) en el arrecife La Azufrada (Isla Gorgona), Pacífico colombiano”, CI 7970
- “Evaluación del impacto de las mareas bajas extremas y la sedimentación sobre el crecimiento y la reproducción del coral Pocillopora damicornis en la isla Gorgona”, CI 7935
- “Efectos de la concentración de metales pesados sobre la biología reproductiva y características ultra estructurales en algas rojas y sus implicaciones en biorremediación”, CI 748
- “Los humedales vallecaucanos: escenario natural de cambios históricos de ocupación y transformación”, Vicerrectoría de Investigaciones, Universidad del Valle, CI 308
- “Patrones de diversificación morfológica y funcional de peces marinos, expuestos a condiciones ambientales contrastantes. Pacífico oriental versus Caribe”, CI 71028.
Proyectos financiados por el Sistema General de regalías:
- “Investigación recurso hídrico de las cuencas de los ríos Cauca y Dagua Recuperado Cali, Valle del Cauca, Occidente”, CI 2820, que tiene una duración programada de cinco años.
- “Desarrollo de un sistema agroindustrial rural competitivo a partir de cultivos promisorios en una bioregión del Valle del Cauca”. Proyecto del Sistema General de Regalías, Gobernación del Valle Fondo Regional de Ciencia y Tecnología-Universidad del Valle. CI 943.